《自然》子刊：迄今最大规模中国实体癌症患者基因组研究数据发布！

*仅供医学专业人士阅读参考

如今，癌症已然成为我国医疗系统的主要负担[1]。

尽管随着二代测序技术的发展，癌症的个性化治疗得以实施，但一直以来关于亚洲人群的癌症基因组研究（特别是在泛癌水平上）仍然存在空白。

因此一些已有的癌症靶向治疗药物大都基于西方人群的癌症基因组突变特征研发而来，而没有考虑我国癌症患者的基因突变特征。但以往研究证明，种族因素会影响癌症的诊断和治疗，不同种族人群在癌症基因组变异特征上存在差异[2]。

对此，终于有科学家迈出第一步了。

近日，由中山大学孙逸仙纪念医院王铭辉等领衔的研究团队，在《自然·通讯》期刊上发表重要研究结果[3]。

他们对来自10000多例中国癌症患者（包含25种癌型以及100多种亚型）的肿瘤组织和相应的血液样本进行了高深度DNA测序，在泛癌水平上首次系统性描述了中国癌症患者的体细胞突变特点，并且将其与美国的癌症患者人群进行了比较，发现64%的中国患者具有可在临床上进行靶向治疗的基因组变异。

论文首页截图

相比于其他队列研究，二代测序技术在癌症临床治疗中应用的要求更为严格，往往不会选择全基因组测序，而是只针对一些经过验证的基因进行深度更高的测序，这既降低了成本又提高了精确性，有利于展开大规模研究[4]。

所以王铭辉教授团队选取了一个经过验证的包含450个基因的基因集。他们收集了11553例中国患者的实体瘤和相应的血液样本，包括25种癌型以及100多种亚型。

在去掉不合格的样本之后，最终成功测序的样本数为10194。主要的癌型包括非小细胞肺癌（NSCLC；20%）、结直肠癌（CRC；12%）、胃癌（GC；8%）、食管癌（ESCA；6%）、软组织肉瘤（STS；6%）、肝内胆管癌（ICC；5%）、胰腺癌（PAC；5%）、肝外胆管癌（ECC；3%）、乳腺癌（BRCA；3%）。

样本癌型分布

患者队列包含31个不同民族，其中汉族占比最大达到92%（9382/10194），在地理分布上，来自中国东部和南部省份的患者最多，分别为41%和29%。

55%的患者已经是晚期阶段（III/IV期），35%的患者处于疾病早期阶段（I/II期）。大部分的患者（76%）都没有经过治疗，只有16%的患者有治疗史，剩下的患者无法确定是否经过治疗。

随后研究人员分析了10194个样本在450个基因上的DNA测序数据，由于他们只关注这些基因上的体细胞变异，因此后续的阐述中只包含体细胞分析结果。研究人员一共发现了80703个单核苷酸变异（SNVs）以及插入缺失变异（InDels）、19192个截断变异、17779个基因扩增变异，以及1688个基因缺失变异、3111个基因融合/重排事件。

显著突变的基因包括TP53（58%）、KRAS（18%）、TERT（14%）、EGFR（13%）、APC（13%）、CDKN2A（12%）以及PIK3CA（11%）。在这些显著突变的基因上还有一些出现频率较高的突变，例如KRAS的G12、EGFR的L858以及TP53的R273。

泛癌水平显著突变的基因

所有基因融合事件中包含31个驱动基因，在ALK、ROS1、RET、FGFR2/3、NTRK1/3以及BRAF上的基因融合事件广泛出现在多种类型肿瘤中。

同时研究人员还发现了一些鲜有报道的基因融合事件出现在多个激酶基因上，例如GRIK2-ROS1、PARP12-BRAF、KIF13B-MET以及LRRC28-NTRK3。