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国家基因库生命大数据平台在CARSI正式上线

时间:2023-06-29 14:50 来源:互联网
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6月27日,国家基因库生命大数据平台(以下简称CNGBdb)在CARSI正式上线,向CARSI所有用户提供文献检索、科学数据交汇与存储、分析计算等集“搜存算用”于一体的服务。CNGBdb的加入,标志着CARSI公共服务向生命科学领域纵深拓展,助力生命科学数据开放共享和应用。联盟全体师生可通过CARSI直接使用,无需付费购买也无需申请开通。

CNGBdb由深圳国家基因库(以下简称“国家基因库”)倾力打造,是国家基因库样本和数据资源开放共享的统一平台,提供科学研究中数据资源开放共享服务,如数据汇交管理、数据在线分析等;同时提供样本资源开放共享服务,如样本共享展示和样本共享申请。目前,平台汇聚全球超11PB的科学数据,并已经获得21家国际出版社/系列期刊认可。

CARSI的资源共享特性为生物遗传资源共享提供了新渠道,师生们可以在CNGBdb平台上共同存储、分析样本/数据、发表成果、制作课件、实操学习等。用户身份真实性可通过CARSI来保证这一前提,为CNGBdb平台和高校进一步合作科研项目,推动科学数据库建设,促进可管控的样本和数据资源的开放流通和合理利用,提供了强有力的底层支撑。

强强联合,协同发展。深圳国家基因库作为CARSI的第100个资源服务商,为CARSI注入新鲜血液,具有特别的纪念意义。目前,CARSI服务范围逐渐扩大,已覆盖全国32个省的740多万用户,CNGBdb可以借助联盟高校持续增长的规模优势,服务更多用户。

CNGBdb平台主要包含哪些数据库?如何助力生命科学研究?一起来看看吧。

【搜】海量信息,智能检索

CNGBdb整合了来源于国家基因库、NCBI、EBI、DDBJ等平台的数据,包括文献、变异、基因、蛋白质、序列、项目、样本、实验、组装、物种10个结构的大量分子数据和其他信息,通过CNGBdb搜索建立索引,并将这些数据与样本甚至样本活体相关联,从而实现数据从活体到样本再到信息数据全过程的可追溯性,达成综合数据的全贯穿。

【存】国际认可,规范管理

国家基因库序列归档系统(CNSA)是一个归档全球组学数据的系统,致力于组学数据的存储、管理和共享,促进组学数据的再利用,推动生命科学的发展。服务国家战略,加强我国遗传数据资源的安全性,为国内科研人员提供更加安全、规范、可靠、便捷、开放的数据归档系统。

国家基因库序列归档系统(CNSA)是一个归档全球组学数据的系统,致力于组学数据的存储、管理和共享,促进组学数据的再利用,推动生命科学的发展。服务国家战略,加强我国遗传数据资源的安全性,为国内科研人员提供更加安全、规范、可靠、便捷、开放的数据归档系统。

国家基因库样本信息共享平台(E-BioBank,简称EBB),致力于搭建样本持有方与使用方之间的桥梁,整合国内外生物样本信息和样本库信息,规范并统一样本信息整合标准,创造公平、公开的生物样本共享环境,促进生物样本的科学、合理利用,是一个公益性、基础性、战略性的科技创新服务平台。

【算】安全可信,高效扩展

生命大数据可信计算平台(CODEPLOT)以数据汇交模块存储的海量数据构建的数据广场为支撑,以灵活工作空间管理模式为核心,同时采取权限管理以及区块链存证等多种模式,确保用户数据安全共享。基于平台数据和工具流程,CODEPLOT面向高校和学生打造基因组、转录组、单细胞、时空、代谢等多组学生物信息分析课程和教研服务平台。

国家基因库高性能混合计算池,拥有CNGB独有的千种植物转录组数据集、万种鸟基因组项目数据集、大规模免疫序列数据集 等,同时整合了NCBI 最新的nt、nr库,方便用户对核酸或蛋白质序列进行搜索对比。安全多方计算工具,结合区块链技术,在不暴露原始数据的情况下进行联合计算,实现数据安全共享。

【用】30+实用科学数据库

CNGBdb基于重大项目成果及现有数据资源,构建了动植物多样性、 微生物、 健康与疾病等不同领域方向的30余+科学数据库。与多家高校、科研院所合作共建组学数据应用,构建了全球最大的生菜数据库LettuceDB、时空组学数据库StomicsDB等高质量数据库,并为数据库提供稳定、安全的网络和服务器资源。

基于的“搜、存、算、用”四大功能,CNGBdb建立一体化的科研支撑服务,支撑科研数据构建全流程闭环。从“科研数据检索”、“科学数据归档”到“生物信息分析挖掘”再到“科研成果共享发表”,实现了生命科学研究用户在科学数据领域的稳定保存和高效应用。

【关于深圳国家基因库】

深圳国家基因库(China National GeneBank,CNGB)是由国家发展和改革委员会等四部委批复建设的我国首个国家级综合性基因库,定位于有效保护、开发、利用遗传资源,为生命科学研究和生物产业创新发展提供服务的国家级科研支撑平台。

深圳国家基因库是服务于国家战略的重大科技基础设施之一,对生物遗传资源进行存储、读取和开放共享,并以此为基础搭建起支撑生命科学研究与生物产业创新发展的公益性、开放性、引领性、战略性科技平台,是世界领先的综合性生物遗传资源基因库。

【访问国家基因库生命大数据平台】

关注“国家基因库大数据平台”公众号 → 底部菜单栏,点击”CNGBdb”→ 即可访问国家基因库生命大数据平台官网

关闭此页 (责任编辑:华康)

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